Molecular Biology Suite
DNASTAR's Lasergene Molecular Biology Suite to kompleksowy pakiet oprogramowania dla biologii molekularnej, spełniający wszystkie potrzeby użytkownika w zakresie analizy sekwencji DNA.
Obsługiwane przepływy pracy obejmują wykonywanie dopasowań wielu sekwencji (multiple sequence alignment) i par (pairwise alignment), identyfikację genów, zestawianie kontigów sekwencji Sangera, tworzenie wirtualnych klonów, projektowanie starterów i wiele innych.
To najnowsza aplikacja w pakiecie Lasergene, która służy do edycji sekwencji i tworzenia map, wirtualnego klonowania i projektowania starterów. Pakiet obsługuje wszystkie główne metody klonowania, w tym: Gibson Assembly, GeneArt, InFusion, Gateway i Gateway MultiSite, Directional TOPO, TA i techniki klonowania enzymami restrykcyjnymi. Wektory można wybrać z dostarczonego katalogu wektorowego lub dodać własne niestandardowe. Ukończone klony można wyeksportować do programu GenVision, który umożliwia tworzenie dodatkowych wizualizacji o jakości publikacyjnej.
Główne własności aplikacji:
Oprogramowanie do dopasowywania wielu sekwencji. Aplikacja umożliwia łatwe wykonywanie wielu dopasowań dużych sekwencji DNA, RNA lub białek i oferuje cztery metody dopasowania: MUSCLE, Mauve, MAFFT i Clustal Omega. Funkcja wyrównania profilu pozwala dodatkowo scalać wyrównania lub dodawać sekwencje do istniejącego wyrównania. MegAlign Pro oferuje również kilka narzędzi do analizy post-alignment, w tym generowania drzew filogenetycznych i dostępu do macierzy odległości, pokazujący odległości między każdą parą sekwencji. Zintegrowane widoki MegAlign Pro dają wiele możliwości jednoczesnego wyświetlania wyrównania i kilka opcji stylu, które pozwalają kontrolować wyświetlane informacje. Kodowanie kolorów, linijki i adnotacje mogą służyć do pomocy w lokalizowaniu odmian i innych. Po dopasowaniu w MegAlign Pro, można łatwo przenieść swoje wyniki do MegAlign, gdzie można wygenerować dodatkowe raporty lub eksportować je do PowerPoint jako w pełni edytowalny obraz do prezentacji.
Oprogramowanie do składania kontigów i analizy, włączenie z wykrywaniem SNP, oceną pokrycia i adnotacją projektu. Pakiet SeqMan Pro oferuje szybkie i dokładne sekwencjonowanie i analizę sekwencji danych Sangera, a także wizualizacje i analizy projektów następnych genów zgromadzonych przez SeqMan NGen. Projekty SeqMan Pro można również eksportować do GenVision w celu uzyskania graficznych obrazów jakości publikacyjnej.
Oprogramowanie do przewidywania i przypisywania genów. Pakiet pomaga zlokalizować i opisać geny, elementy regulacyjne, wzory i strukturę w pierwotnej sekwencji DNA. Jego kompleksowy zestaw metod analitycznych można łatwo zastosować i wykorzystać dla projektów o dowolnej wielkości. GeneQuest jest w pełni zintegrowany z GenVision, umożliwiając tworzenie obrazów o jakości publikowanej z przypisaną sekwencją.
Oprogramowanie do dopasowywania sekwencji wielokrotnych i parami, zapewniający zarówno dopasowanie sekwencji DNA, jak i białek, przy użyciu szeregu metod parowania i wielokrotnego dopasowania. Bogate wyświetlacze graficzne umożliwiają dostosowanie ukończonego dopasowania, a także analizę filogenezy, różnic w charakterystyce chemicznej, strukturalnej lub funkcjonalnej. MegAlign jest w pełni zintegrowany z GenVision, pozwalając na tworzenie obrazów dopasowań o jakości publikacyjnej.
SeqNinja to wygodne narzędzie do automatycznej i seryjnej edycji sekwencji genomowych i adnotacji. Program obsługuje różne rodzaje plików wejściowych /wyjściowych dla projektów, w tym pliki FASTA, GenBank i DNASTAR Lasergene i szybko konwertuje sekwencje z jednego formatu na inny. Aplikacja ułatwia edycję i eksportowanie adnotacji, scalanie i dzielenie danych sekwencji oraz przesyłanie adnotacji między wersjami genomu, automatyzując proces dopasowywania współrzędnych sekwencji między złożeniami. SeqNinja oferuje wiele szablonów do typowych funkcji, a także możliwość dostosowywania projektów do potrzeb Użytkownika.
Zaawansowane oprogramowanie do projektowania starterów. PrimerSelect była pierwszą aplikacją do projektowania starterów w obrębie pakietu Lasergene, aktualnie w dużej mierze został zastąpiony przez możliwości projektowania straterów w obrębie programu SeqBuilder. PrimerSelect może być przydatny w niektórych zaawansowanych funkcjach starterów, takich jak dostosowywanie parametrów błędów i tworzenie katalogu starterów.
To aplikacja do wizualizacji, zaprojektowana z myślą o łatwym generowaniu grafik i map o jakości publikacyjnej. GenVision jest znany z tworzenia obrazów genomów o wysokiej jakości, ale można go również dostosować do akcentowania specyficznych obszarów zainteresowania, takich jak porównywanie funkcji genów, zilustrowanie poziomów ekspresji genów i wizualizacja pokrycia w złożonym kontigu.
Oprogramowanie do importowania i edycji nietypowych typów plików sekwencji. EditSeq jest starszą aplikacją, która została w dużej mierze zastąpiona przez SeqBuilder. Wciąż jednak dostarczana z każdym systemem Lasergene, głównie jako narzędzie do importowania i edycji mniej popularnych formatów plików. Dzięki EditSeq można ręcznie edytować sekwencję, komentarze i adnotacje, wygodnie podzielone na trzy panele.
Navigator oferuje wysokiego poziomu widok, wszystkich dostępnych aplikacji DNASTAR i podsumowuje funkcje każdego z nich, dzięki czemu zawsze wiesz, od czego zacząć. Zapewnia on także łatwy dostęp do dodatkowych zasobów szkoleniowych, takich jak filmy wideo, samouczki i często zadawane pytania.
Obsługiwane przepływy pracy obejmują wykonywanie dopasowań wielu sekwencji (multiple sequence alignment) i par (pairwise alignment), identyfikację genów, zestawianie kontigów sekwencji Sangera, tworzenie wirtualnych klonów, projektowanie starterów i wiele innych.
Aplikacje składowe Molecular Biology Suit
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
SeqBuilder Pro
Edycja sekwencji i adnotacji, wirtualne klonowanie i projektowanie starterówTo najnowsza aplikacja w pakiecie Lasergene, która służy do edycji sekwencji i tworzenia map, wirtualnego klonowania i projektowania starterów. Pakiet obsługuje wszystkie główne metody klonowania, w tym: Gibson Assembly, GeneArt, InFusion, Gateway i Gateway MultiSite, Directional TOPO, TA i techniki klonowania enzymami restrykcyjnymi. Wektory można wybrać z dostarczonego katalogu wektorowego lub dodać własne niestandardowe. Ukończone klony można wyeksportować do programu GenVision, który umożliwia tworzenie dodatkowych wizualizacji o jakości publikacyjnej.
Główne własności aplikacji:
- Zautomatyzowane wirtualne klonowanie - program SeqBuilder Pro umożliwia automatyczne skonstruowanie wirtualnego klonu, wybierając sekwencje insertów i wektorów
- Weryfikacja klonowania + interpretacja - sprawdź i potwierdź poprawność wstawienia plazmidu i uzyskaj spersonalizowany raport podsumowujący, w tym błędy dotyczące rozbieżności odczytu i błędy wstawiania
- Edycja sekwencji + automatyczna adnotacja plazmidu – możliwość użycia automatycznej adnotacji sekwencji z obszerną biblioteką funkcji, aby dokładnie uzyskać pożądane wyniki
- Projektowanie starterów - projekt startera PCR? Nie ma problemu. SeqBuilderPro zapewnia łatwe w użyciu narzędzia do tworzenia, dostosowywania i modyfikowania podkładów
MegAlign Pro
Wielokrotne dopasowanie sekwencji typu MUSCLE, Mauve, MAFFT lub Clustal OmegaOprogramowanie do dopasowywania wielu sekwencji. Aplikacja umożliwia łatwe wykonywanie wielu dopasowań dużych sekwencji DNA, RNA lub białek i oferuje cztery metody dopasowania: MUSCLE, Mauve, MAFFT i Clustal Omega. Funkcja wyrównania profilu pozwala dodatkowo scalać wyrównania lub dodawać sekwencje do istniejącego wyrównania. MegAlign Pro oferuje również kilka narzędzi do analizy post-alignment, w tym generowania drzew filogenetycznych i dostępu do macierzy odległości, pokazujący odległości między każdą parą sekwencji. Zintegrowane widoki MegAlign Pro dają wiele możliwości jednoczesnego wyświetlania wyrównania i kilka opcji stylu, które pozwalają kontrolować wyświetlane informacje. Kodowanie kolorów, linijki i adnotacje mogą służyć do pomocy w lokalizowaniu odmian i innych. Po dopasowaniu w MegAlign Pro, można łatwo przenieść swoje wyniki do MegAlign, gdzie można wygenerować dodatkowe raporty lub eksportować je do PowerPoint jako w pełni edytowalny obraz do prezentacji.
SeqMan Pro
Składanie i analiza kontigów włącznie z SNPOprogramowanie do składania kontigów i analizy, włączenie z wykrywaniem SNP, oceną pokrycia i adnotacją projektu. Pakiet SeqMan Pro oferuje szybkie i dokładne sekwencjonowanie i analizę sekwencji danych Sangera, a także wizualizacje i analizy projektów następnych genów zgromadzonych przez SeqMan NGen. Projekty SeqMan Pro można również eksportować do GenVision w celu uzyskania graficznych obrazów jakości publikacyjnej.
GeneQuest
Odkrywanie i opisywanie genówOprogramowanie do przewidywania i przypisywania genów. Pakiet pomaga zlokalizować i opisać geny, elementy regulacyjne, wzory i strukturę w pierwotnej sekwencji DNA. Jego kompleksowy zestaw metod analitycznych można łatwo zastosować i wykorzystać dla projektów o dowolnej wielkości. GeneQuest jest w pełni zintegrowany z GenVision, umożliwiając tworzenie obrazów o jakości publikowanej z przypisaną sekwencją.
MegAlign
Dopasowanie i analiza sekwencji białek i DNAOprogramowanie do dopasowywania sekwencji wielokrotnych i parami, zapewniający zarówno dopasowanie sekwencji DNA, jak i białek, przy użyciu szeregu metod parowania i wielokrotnego dopasowania. Bogate wyświetlacze graficzne umożliwiają dostosowanie ukończonego dopasowania, a także analizę filogenezy, różnic w charakterystyce chemicznej, strukturalnej lub funkcjonalnej. MegAlign jest w pełni zintegrowany z GenVision, pozwalając na tworzenie obrazów dopasowań o jakości publikacyjnej.
SeqNinja
Automatyczna edycja sekwencjiSeqNinja to wygodne narzędzie do automatycznej i seryjnej edycji sekwencji genomowych i adnotacji. Program obsługuje różne rodzaje plików wejściowych /wyjściowych dla projektów, w tym pliki FASTA, GenBank i DNASTAR Lasergene i szybko konwertuje sekwencje z jednego formatu na inny. Aplikacja ułatwia edycję i eksportowanie adnotacji, scalanie i dzielenie danych sekwencji oraz przesyłanie adnotacji między wersjami genomu, automatyzując proces dopasowywania współrzędnych sekwencji między złożeniami. SeqNinja oferuje wiele szablonów do typowych funkcji, a także możliwość dostosowywania projektów do potrzeb Użytkownika.
PrimerSelect
Zaawansowane projektowanie starterówZaawansowane oprogramowanie do projektowania starterów. PrimerSelect była pierwszą aplikacją do projektowania starterów w obrębie pakietu Lasergene, aktualnie w dużej mierze został zastąpiony przez możliwości projektowania straterów w obrębie programu SeqBuilder. PrimerSelect może być przydatny w niektórych zaawansowanych funkcjach starterów, takich jak dostosowywanie parametrów błędów i tworzenie katalogu starterów.
GenVision
Tworzenie grafiki w jakości publikacyjnejTo aplikacja do wizualizacji, zaprojektowana z myślą o łatwym generowaniu grafik i map o jakości publikacyjnej. GenVision jest znany z tworzenia obrazów genomów o wysokiej jakości, ale można go również dostosować do akcentowania specyficznych obszarów zainteresowania, takich jak porównywanie funkcji genów, zilustrowanie poziomów ekspresji genów i wizualizacja pokrycia w złożonym kontigu.
EditSeq
Import i edycja rzadkich typów plikówOprogramowanie do importowania i edycji nietypowych typów plików sekwencji. EditSeq jest starszą aplikacją, która została w dużej mierze zastąpiona przez SeqBuilder. Wciąż jednak dostarczana z każdym systemem Lasergene, głównie jako narzędzie do importowania i edycji mniej popularnych formatów plików. Dzięki EditSeq można ręcznie edytować sekwencję, komentarze i adnotacje, wygodnie podzielone na trzy panele.
DNASTAR Navigator
Przewodnik po wszystkich aplikacjach DNASTARNavigator oferuje wysokiego poziomu widok, wszystkich dostępnych aplikacji DNASTAR i podsumowuje funkcje każdego z nich, dzięki czemu zawsze wiesz, od czego zacząć. Zapewnia on także łatwy dostęp do dodatkowych zasobów szkoleniowych, takich jak filmy wideo, samouczki i często zadawane pytania.